К этому же периоду относятся большое, высотой в пять метров, «Распятие» (около 1293–1300), сделанное для церкви Санта Мария Новелла во Флоренции, и «Мадонна ди Сан Джорджио алла Коста».
Фрески нижнего яруса Верхней церкви Сан Франческо в Ассизи написаны были во второй половине девяностых годов, когда Джотто вторично пригласили в Ассизи, уже как руководителя всех живописных работ.
В конце 1290 – начале XIII века Джотто был в Риме, где выполнил огромную мозаику «Навичелла» для базилики св. Петра, на ней был изображен Христос и ладья с апостолами. Мозаика погибла в начале XVI века при разрушении старой базилики.
В первое десятилетие нового века Джотто живет в основном в Падуе. К 1303–1305 годам относят начало его работы в Капелле дель Арена. Выполняя заказ местного богача, ростовщика Энрико Скровеньи, он покрыл стены его домовой капеллы фресками на евангельские сюжеты о жизни Христа и мадонны. Заказчик торопил с окончанием работ, и мастер вынужден был начать роспись недостроенного помещения. Фрески капеллы Скровеньи – лучшие фрески Джотто.
Этот обширный фресковый цикл включает в себя роспись коробового свода, уподобленного синей небесной тверди с золотыми звездами и заключенными в медальоны изображениями Христа, Марии и пророков, композицию «Страшный суд» на западной стене, тридцать четыре сцены из жизни Марии и Христа, расположенные в три ряда на длинных боковых стенах.
«В искусстве Джотто много мягкости, чистоты и какой то трогательной любви к людям, – пишет О.М. Персианова. – Его герои исполнены благородного достоинства и духовной красоты. Движения, позы, жесты сдержанно, но удивительно верно передают душевное состояние: материнской нежности полна Мария, склонившаяся над новорожденным младенцем ("Рождество"), глубоким горем охвачены люди, собравшиеся у тела мертвого Христа ("Оплакивание"), торжественно праздничное настроение царит в группе волхвов, пришедших поклониться младенцу ("Поклонение волхвов").