Изучение произведений Иванова и мастеров итальянского Возрождения помогло художнику выйти на свою большую тему. Главной для всего его последующего творчества становится тема страдающего человека, драматического столкновения мировоззрений.
Впервые эта тема отчетливо прозвучала в картине «Тайная вечеря» (1863). В том же году она была привезена в Петербург.
«Всем своим образным строем "Тайная вечеря" напряженно драматична, – пишет Н.Ю. Зограф. – Христос только что произнес слова обличения, и в тихую прощальную беседу ворвались тревога, смятение, горе и гнев. Золотистый луч светильника, разрывая мягкий сумрак комнаты, вспыхивает отблесками на лицах, фигурах собравшихся, отбрасывая на стены и пол гигантские тревожные тени. Яркий свет выхватывает из темноты край покрытого белой скатертью стола и стоящую рядом порывистую фигуру взволнованного Петра. Резким контрастом к нему высится на переднем плане темный силуэт Иуды. Его мрачная фигура исполнена какой то значительности. Это не мелкий корыстолюбец, предавший учителя за тридцать сребреников, но отступник в полном значении этого слова, сознательно обрекающий себя на отторгнутость, на проклятие. Предельная напряженность правой части картины как бы гаснет в группе окружающих Христа учеников. Здесь все окутано мягкой светотенью, в сумраке комнаты еле различимы фигуры второго плана. Меркнут горячие тона, в окне встает холодная синева ночи. Тихо переговариваются апостолы. Погружен в себя объятый горестными размышлениями Иисус. Его полулежащая фигура своими мягкими, как бы усталыми очертаниями разрешает взволнованную динамику композиции».
Реакционная пресса усмотрела в картине Ге грубость лиц, «торжество материализма и нигилизма», а цензура запретила воспроизводить ее. Но прогрессивные деятели встретили ее восторженно. И.Е. Репин писал: «Не только у нас в России, можно смело сказать – во всей Европе, за все периоды христианского искусства не было равной этой картине, на эту тему. Если картина была интересна для просвещенной публики, то еще более она была поучительна для художников новизной искусства, смелостью композиции, выражением великой драмы и гармонией общего. Вещь эту можно смело повесить рядом с самыми великими созданиями искусства живописи». За это произведение Ге был избран действительным членом Академии художеств.
В 1863–1869 годах, живя во Флоренции, Ге продолжает создавать произведения на евангельские сюжеты, из которых наиболее значительны «Вестники воскресения» (1867) и «В Гефсиманском саду» (1869). Тогда же Ге пишет пейзажи – «Флоренция» (1864), «Оливковая роща в Сан Теренцо» (1867), «Карарская каменоломня» (1868). Появляются и редкие в его творчестве жанровые композиции – «Кольцов в степи», «Моя няня», «Игры детей».